Mit dem Emissionshandelssystem, das auf dem Verursacherprinzip beruht, werden mehr als 10.000 Kraftwerke und industrielle Fertigungsanlagen dazu verpflichtet, für jede Tonne CO₂, die sie ausstoßen, eine Berechtigung (in Form von Emissionszertifikaten) zu besitzen. Je weniger Verschmutzung, umso geringer die Kosten. Unternehmen müssen Emissionsrechte (Zertifikate) im Rahmen von Auktionen (Versteigerungen) erwerben. Der Preis richtet sich nach Angebot und Nachfrage. Manche Zertifikate wurden kostenlos zugeteilt – vor allem in Bereichen, wo das Risiko besteht, dass Unternehmen ihre Produktion in andere Länder verlagern, in denen weniger strenge Emissionsauflagen eingehalten werden müssen („Carbon Leakage“).
Um das EHS an die höheren Emissionsminderungsziele des europäischen Grünen Deals anzupassen, einigte sich die EU im Dezember 2022 auf eine Aktualisierung der Regelung, die eine Senkung der Industrieemissionen um 62 Prozent bis 2030 vorsieht.