Die Industrieemissionsrichtlinie ist das wichtigste EU-Instrument zur Regulierung der Umweltverschmutzung durch Industrieanlagen, darunter große Intensivtierhaltungsbetriebe. Auf die Anlagen, die durch die bereits bestehende Richtlinie geregelt werden – darunter Kraftwerke, Raffinerien und Abfallbehandlungsanlagen – entfallen rund 40 % der Treibhausgasemissionen und 20 % der Schadstoffemissionen in Luft und Wasser. Um die Industrieemissionen weiter zu verringern, werden mit der überarbeiteten Richtlinie mehr große Intensivtierhaltungsbetriebe, darunter Schweine- und Geflügelhaltungsbetriebe, in den Anwendungsbereich der überarbeiteten Richtlinie aufgenommen. Bergbautätigkeiten und Batterieherstellung in großem Maßstab werden ebenfalls in den Anwendungsbereich der Richtlinie aufgenommen; vorbehaltlich einer Überprüfung durch die Kommission kann der Anwendungsbereich auch auf Industrieminerale ausgeweitet werden.
Die Mitgliedstaaten werden wirksame, verhältnismäßige und abschreckende Sanktionen für den Fall der Nichteinhaltung der Richtlinie festlegen. Bei schweren Verstößen können Betreiber zur Zahlung von Sanktionen in Höhe von mindestens 3 % ihres Jahresumsatzes in der Union verpflichtet werden. Mit der Richtlinie wird ferner für Personen, deren Gesundheit beeinträchtigt wurde, das Recht eingeführt, von Personen, die gegen die Richtlinie verstoßen, Schadensersatz zu verlangen.